1.      Tentang Pengurusan, pada Pasal 9 dinyatakan bahwa : Pengangkatan, pemberhentian, pengurangan, penambahan, pengisian lowongan anggota dewan pengurus dan anggota dewan komisaris yang sewaktu-waktu terjadi ditetapkan oleh keputusan rapat dewan pendiri dengan persetujuan Kepala staf TNI AL

2.      Tentang Penasehat dan Pelindung pada Pasal 13 dinyatakan bahwa: Pelindung Yayasan adalah Kepala Staf TNI AL

3.      Tentang Perubahan Anggaran Dasar pada Pasal 16 dinyatakan bahwa : Anggaran Dasar Yayasan hanya dapat dirubah atau ditambah dengan keputusan dewan pengurus bersama-sama dewan komisaris dengan persetujuan dewan pendiri dan Kepala Staf TNI AL

Tentang Perubahan Yayasan pada Pasal 17 dinyatakan bahwa : Yayasan hanya dapat dibubarkan atas dasar keputusan dewan pengurus dewan komisaris dengan persetujuan dewan pendiri dan Kepala Staf TNI AL. Akte Notaris Anasrul Jambi, SH tahun 1986 yang merupakan Anggaran Dasar Yayasan yang termasuk didalamnya para Perwira Tinggi dan Perwira Menengah yang di tugaskan Kepala Staf TNI AL saat itu sesuai jabatannya dalam Akte Notaris adalah sebagai berikut : Bapak Laksda TNI (Pur) Adang Syafaat selaku pendiri, Bapak Kol Laut (Pur) Bachtiar Djabar selaku bendahara I, Bapak Kol Laut (Pur) FX. Sriharto selaku Ketua I dan Bapak Let Kol Laut (Pur) R. Soesanto selaku sekrearis I, menyampaikan permohonan kepada Kepala Staf TNI AL agar Yayasan Pendidikan Bahariwan-45 yang didalam nya menaungi AMAN JAYA untuk kembali ke induknya yang khusus menangani tentang pendidikan Perguruan Tinggi yaitu Yayasan NALA. Pada tahun 2009 hingga saat ini seiring dengan stabilitas keamanan negara kita membaik serta berkembangnya pertumbuhan ekonomi yang semakin membaik pula, maka juga sangat berdampak posiitif bagi AMAN JAYA, semakin berkembang setiap tahun semakin tambah mahasiswa yang berminat masuk AMAN JAYA. Namun dengan semakin berkembangnya AMAN JAYA tidak diikuti dengan penyerahan asset tetap seperti gedung yang seyogyanya juga penyerahan kepemilikan gedung tetap milik AMAN JAYA karena keabsahan kepemilikan gedung merupakan persyaratan mutlak bagi AMAN JAYA untuk mendapakan aspek legalitas baik untuk bisa APPROVAL dari Perhubungan Laut maupun terakreditasi Institusi dari AMAN JAYA. Penyelenggaraan ijin AMAN JAYA menginduk pada 2(dua) kementerian yaitu kementerian Perhubungan untuk mendapakan ijin sertifikat kompetensi profesinya dan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan untuk mendapatkan ijin tentang penyelenggaraan jenjang Diploma tiga (D-III).